1944（昭和19）年、神戸病院を母体として兵庫県立医学専門学校が設立されることになった。同校は、1946（昭和21）年に予科３年を含めた７年制の兵庫県立医科大学、1952 （昭和27）年に新制の兵庫県立神戸医科大学となった。1958（昭和33）年には新制の大学院医学研究科（博士課程）が設置された。国立移管され神戸大学医学部となるのは1964 （昭和39）年である。この間、神戸病院は兵庫県立医学専門学校附属医院?兵庫県立医科大学附属医院?兵庫県立神戸医科大学附属病院として存続し、1967（昭和42）年に神戸大学医学部附属病院となった。

神戸病院では早くから看護婦や助産婦の養成が行われていたが、1949（昭和24）年には兵庫県立医科大学附属高等看護学院が設置された。その後兵庫県立神戸医科大学附属高等看護学院、兵庫県立高等看護学院、兵庫県立厚生女子専門学院と改められ、1967（昭和42） 年に神戸大学医学部附属看護学校となった。