1943（昭和18）年に3番目の官立高等商船学校として清水高等商船学校が開校すると、政府の方針によって高等商船教育の統合がめざされることになり、1945（昭和20）年に神戸高等商船学校?東京高等商船学校?清水高等商船学校を統合して、清水市に高等商船学校が設置された。この時、神戸高等商船学校の土地?施設は高等商船学校神戸分校となり、海技専門学院が新設?併置された。

戦後、新しい学制のもとで商船大学設置の機運が高まり、1952（昭和27）年に兵庫県内で2番目の国立大学として 神戸商船大学が設置された。1974（昭和49）年には大学院商船学研究科（修士課程）が、1997（平成9）年には大学院商船学研究科（博士課程）が設置され、また1982（昭和57）年には初めて女子学生を受け入れるなど発展を遂げて来たが、2003（平成15）年10月、神戸大学との統合により神戸大学海事科学部に引き継がれることになった。